已经实施开工前期准备工作的南京地铁6号线传来最新消息，国家文物局在3月8日对其中涉及的文物保护作出了批复。虽原则同意南京地铁6号线工程涉及全国重点文物保护单位南京城墙、明故宫遗址和明孝陵·徐达墓保护范围和建设控制地带的选线方案，但鉴于地铁线路纵向贯穿明故宫遗址中轴核心区，对遗址影响较大，仍建议该项目涉及明故宫遗址区段选线应在方案三的基础上进行深化。这也标志着南京地铁6号线选线获批，最终站点得以确定。
南京地铁6号线南起既有机场线南京南站东侧区间终点，北至栖霞山站，主要沿大明路、御道街、明故宫路、板仓街、恒嘉路、营苑南路、经五路、神农路、恒竞路敷设。
线路全长32.5公里，全部为地下线，除了接入现有的南京南站外，全线新设车站18座。因途经明故宫遗址附近，涉及到文物保护和避让地下文物埋藏区。要不要设明故宫站一直存在争议，此前的环评报告指出，明故宫设站与否将根据国家文物局审查意见再定。
此次国家文物局同意上报的选线方案也就意味着6号线将按照工程方案设明故宫站。分别为南京南站（既有站）、夹岗、红花机场、市中医院、大校场路、光华门、明故宫、富贵山、锁金村、长途东站、丹霞路、营苑南路、万寿村、燕尧路、新港开发区、兴智路、新生圩、刘家库、栖霞山，计划于2021年底建成。
据悉，地铁6号线将来会和现在的南京机场线贯通运营。考虑到现有的机场线也是从南京南站始发，所以未来的地铁6号线或将成为一条连接禄口机场和栖霞山的超长线路。